Program AfaSystem w wersji dla terapeuty posiada pełną funkcjonalność, pozwalającą na zarządzanie kartoteką pacjentów, ustalanie parametrów przebiegu terapii, uruchamianie ćwiczeń, przegląd i analizę wyników pacjentów, a także konfigurację środowiska pracy. Dodatkowo, wersja ta pozwala uzyskać symulację pracy programu w wersji dla pacjenta.

Uruchomienie programu wymaga zalogowania się. W oknie logowania należy wpisać hasło dostępu do programu i zatwierdzić przyciskiem "OK".

Domyślnie zaznaczona jest opcja trybu pracy "Wersja dla terapeuty". Druga opcja, "Wersja dla pacjenta", przeznaczona jest właśnie do symulacji pracy w trybie pacjenta.

Po instalacji programu ustalane jest hasło dostępu i brzmi ono: harpo, przy czym wielkość liter nie ma znaczenia. Hasło to użytkownik może zmienić z poziomu programu (menu Opcje - Zmiana hasła).

Gdy logowanie zakończy się poprawnie, po krótkiej inicjalizacji otworzy się główne okno programu,

które daje dostęp do wszystkich funkcji i wszelkich informacji związanych z pacjentami, terapiami, wynikami, licencjami, a także dostarcza narzędzi do konfiguracji i utrzymania programu.