Dostęp do konfiguracji programu uzyskujemy poprzez użycie pozycji menu Opcje - Konfiguracja w głównym oknie programu. Okno konfiguracji składa się z trzech zakładek: Foldery programu, Licencje przez internet oraz Harmonogram. 1. Foldery programu Program AfaSystem korzysta z trzech folderów:folder z bibliotekami, czyli folder zawierający binaria programu (moduły terapeutyczne ze swoimi zasobami),folder z bazą danych,folder z danymi aplikacji, czyli folder użytkownika, w którym zapisywane są dane takie jak pliki terapii, kartoteka pacjentów, terapie i wyniki, konfiguracja importu i eksportu, dziennik zdarzeń. Na zakładce Foldery programu znajdują się wpisy określające ustawienia wymienionych folderów, z których ... »

Folder użytkownika jest specjalnym folderem, przeznaczonym do przechowywania danych i ustawień programu AfaSystem. Zawiera licencję użytkownika, kartotekę pacjentów wraz z terapiami i wynikami, bieżącą terapię pacjenta, terapie archiwalne, a także dziennik zdarzeń. Folder użytkownika najłatwiej otworzyć za pomocą skrótu "Folder użytkownika", który jest tworzony w menu systemowym Start razem ze skrótami do programu i dokumentacji, czyli w grupie Programy - Harpo - AfaSystem. Po jego użyciu ukaże się małe okno informacyjne, a po chwili właściwe okno z zawartością folderu użytkownika. Folder użytkownika jest katalogiem systemowym, którego położenie zależy od wersji systemu operacyjnego. ... »

Program AfaSystem umożliwia pracę na wielu kontach użytkownika w systemie operacyjnym Windows. Ten fakt ma znaczenie w sytuacji, gdy z komputera korzystają osoby mające założone własne konta w systemie. Wtedy program jest uruchamiany z poziomu konta danego użytkownika. W konsekwencji dostęp do kartoteki pacjentów oraz terapii i ich wyników jest ograniczony do danego konta. Możliwe jest też takie skonfigurowanie programu, aby dostęp do tych danych nie był ograniczony, lecz współdzielony dla wszystkich kont w systemie. W tym celu należy skopiować plik afasystem.mdb do katalogu dostępnego dla wszystkich kont systemu (można założyć katalog np. C:\afasystem), po czym odpowiednio ustawić ... »

Jeśli dysponujemy komputerami podłączonymi do lokalnej sieci (LAN), mamy możliwość wykorzystania jej zalet także przy pracy z programem AfaSystem. Uruchamianie programu AfaSystem w środowisku sieciowym ma jeden podstawowy atut - daje możliwość korzystania z kartoteki pacjentów oraz przygotowanych terapii przez wielu użytkowników jednocześnie. Na dodatek mamy dostęp do wspólnych danych niezależnie od tego, na której stacji roboczej (komputerze) uruchamiamy program. Wadą takiego rozwiązania jest wysoki koszt licencji. Program musi zostać aktywowany na każdej stacji roboczej, co wymaga wgrania osobnych licencji na każde stanowisko. Nie można tu posłużyć się jedną, wspólną licencją, gdyż każda licencja jest przeznaczona ... »