Uruchamianie ćwiczeń - zarówno pojedynczych, jak i złożonych terapii - odbywa się poprzez użycie przycisku Start w głównym oknie programu.

Jeśli program AfaSystem pracuje w trybie programów, uruchomione zostanie aktualnie wybrane ćwiczenie. Działanie ćwiczenia zostanie zakończone po wyczerpaniu materiału ćwiczeniowego lub po upłynięciu czasu przeznaczonego na trening (parametr "Czas treningu" w parametrach ćwiczenia). Ćwiczenie można w każdym momencie przerwać za pomocą przycisku Esc na klawiaturze.