Uruchamianie ćwiczeń - zarówno pojedynczych, jak i złożonych terapii - odbywa się poprzez użycie przycisku Start w głównym oknie programu.

Jeśli program AfaSystem pracuje w trybie terapii, uruchomiona zostanie aktualnie wybrana terapia. Przebieg terapii jest następujący. Rozpocznie się ćwiczenie, które zostało określone jako pierwsze na liście elementów terapii. Po wyczerpaniu materiału ćwiczeniowego lub po upłynięciu czasu przeznaczonego na trening (parametr "Czas treningu" w parametrach ćwiczenia) sprawdzane jest, czy na liście elementów terapii występuje kolejne ćwiczenie. Jeśli tak, zostanie uruchomione jako następne. Jeśli nie, terapia zostanie zakończona. Procedura się powtarza aż do wyczerpania terapii - wszystkie ćwiczenia z terapii zostaną po kolei uruchomione. Terapię można w każdym momencie przerwać za pomocą przycisku Esc na klawiaturze, przy czym - niezależnie od tego, czy pozostały jeszcze nie wykonane ćwiczenia, czy nie - zostanie zakończona (bez przechodzenia do następnego na liście).

Uwaga:

W przypadku złożonych terapii po każdym zakończeniu ćwiczenia i przejściu do kolejnego modyfikowana jest kolejność elementów terapii w ten sposób, że wykonane ćwiczenie wędruje na koniec listy, a bieżące ćwiczenie staje się pierwszym na liście. Dzięki temu ponowne uruchomienie przerwanej terapii rozpocznie się ćwiczeniem ostatnio przerabianym.