Program AfaSystem może pracować w dwóch trybach: programów i terapii. Tryb pierwszy polega na wyborze, skonfigurowaniu i uruchomieniu pojedynczego ćwiczenia. Tryb drugi polega na zdefiniowaniu terapii (a więc skompletowaniu i skonfigurowaniu zestawu ćwiczeń) i jej uruchomieniu.

Przełączanie trybu pracy programu odbywa się poprzez menu Opcje - Tryb pracy w głównym oknie programu.

Jeśli włączony zostanie tryb programów, rozwijana lista pod przyciskiem Programy zawierać będzie zestaw wszystkich dostępnych programów (ćwiczeń terapeutycznych).

Jeśli natomiast włączony zostanie tryb terapii, rozwijana lista pod przyciskiem Programy zawierać będzie zbiór przygotowanych (zdefiniowanych i zapisanych) terapii dla aktualnie wybranego pacjenta.

Ćwiczenia terapeutyczne AfaSystemu zostały zgrupowane w cztery tzw. zdolności językowe.