Program AfaSystem umożliwia pracę na wielu kontach użytkownika w systemie operacyjnym Windows. Ten fakt ma znaczenie w sytuacji, gdy z komputera korzystają osoby mające założone własne konta w systemie. Wtedy program jest uruchamiany z poziomu konta danego użytkownika. W konsekwencji dostęp do kartoteki pacjentów oraz terapii i ich wyników jest ograniczony do danego konta.

Możliwe jest też takie skonfigurowanie programu, aby dostęp do tych danych nie był ograniczony, lecz współdzielony dla wszystkich kont w systemie. W tym celu należy skopiować plik afasystem.mdb do katalogu dostępnego dla wszystkich kont systemu (można założyć katalog np. C:\afasystem), po czym odpowiednio ustawić konfigurację programu. Należy wybrać zakładkę Foldery programu.

W pozycji "Folder z bazą danych" należy określić ścieżkę do skopiowanego pliku afasystem.mdb (można wpisać ręcznie lub posłużyć się przyciskami przeszukiwania zasobów). Zmiany należy zapisać przyciskiem "OK". Zmiana konfiguracji folderów wymaga ponownego uruchomienia programu.

Uwaga: Aby uruchomić program na określonym koncie użytkownika, trzeba najpierw aktywować na nim licencję. Procedura aktywacji jest opisana na stronie Aktywacja programu.