Folder użytkownika jest specjalnym folderem, przeznaczonym do przechowywania danych i ustawień programu AfaSystem. Zawiera licencję użytkownika, kartotekę pacjentów wraz z terapiami i wynikami, bieżącą terapię pacjenta, terapie archiwalne, a także dziennik zdarzeń.

Folder użytkownika najłatwiej otworzyć za pomocą skrótu "Folder użytkownika", który jest tworzony w menu systemowym Start razem ze skrótami do programu i dokumentacji, czyli w grupie Programy - Harpo - AfaSystem. Po jego użyciu ukaże się małe okno informacyjne,

a po chwili właściwe okno z zawartością folderu użytkownika.

Folder użytkownika jest katalogiem systemowym, którego położenie zależy od wersji systemu operacyjnego. Na przykład dla systemu Windows XP będzie to:

C:/Documents and settings/{nazwa konta}/Dane aplikacji/Harpo/AfaSystem,

zaś dla systemów: Windows Vista, Windows 7, Windows 8.1, Windows 10 oraz Windows 11 będzie to:

C:/Users/{nazwa konta}/AppData/Roaming/Harpo/AfaSystem.