Dostęp do konfiguracji programu uzyskujemy poprzez użycie pozycji menu Opcje - Konfiguracja w głównym oknie programu. Okno konfiguracji składa się z trzech zakładek: Foldery programu, Licencje przez internet oraz Harmonogram.

1. Foldery programu

Program AfaSystem korzysta z trzech folderów:

• folder z bibliotekami, czyli folder zawierający binaria programu (moduły terapeutyczne ze swoimi zasobami),
• folder z bazą danych,
• folder z danymi aplikacji, czyli folder użytkownika, w którym zapisywane są dane takie jak pliki terapii, kartoteka pacjentów, terapie i wyniki, konfiguracja importu i eksportu, dziennik zdarzeń.

Na zakładce Foldery programu znajdują się wpisy określające ustawienia wymienionych folderów, z których każde można zmienić za pomocą przycisku przeszukiwania zasobów.

2. Licencje przez internet

Program AfaSystem umożliwia automatyczne wysyłanie zamówień na licencję z okna Aktywacja poprzez użycie przycisku Zamów licencję. Zostaje wówczas przygotowany e-mail, który zawiera wszystkie potrzebne informacje, a więc m. in. adres odbiorcy. Adres ten brany jest z konfiguracji programu.

Na zakładce Licencje przez internet znajdują się wpisy określające adresatów e-maili generowanych automatycznie przez program przy zamawianiu licencji przyciskiem Zamów licencję. Listę można dowolnie modyfikować, a jej ustawienia są przechowywane w folderze użytkownika.

3. Harmonogram

Program AfaSystem umożliwia automatyczne wykonywanie archiwizacji danych. Przebieg archiwizacji określony jest w konfiguracji programu.

Na zakładce Harmonogram znajdują się wpisy określające sposób wykonywania archiwizacji. Można więc archiwizację włączyć lub wyłączyć, określić częstotliwość wykonywania kopii danych, wskazać lokalizację archiwum, czy też ustalić maksymalną liczebność archiwów.