Ćwiczenia terapeutyczne (tzw. moduły lub też programy) wchodzące w skład AfaSystemu podzielone są na cztery grupy zwane zdolnościami językowymi. Podział ten kształtuje się następująco:

1. Rozumienie
   1. Różnicowanie brzmienia słów
   2. Interpretacja znaczenia komunikatów
   3. Czasowniki
2. Ekspresja
   1. Rzeczowniki
   2. Rzeczowniki w zdaniach
   3. Przymiotniki
   4. Związki frazeologiczne
3. Czytanie
   1. Rzeczowniki
   2. Rzeczowniki w zdaniach
   3. Czasowniki
   4. Przymiotniki
   5. Antonimy i synonimy
   6. Układanie zdań
   7. Analogie
   8. Myślenie abstrakcyjne
   9. Kategorie
   10. Związki frazeologiczne
   11. Wykluczenia
   12. Rzeczowniki, wielokrotny wybór
4. Pisanie
   1. Rzeczowniki
   2. Rzeczowniki w zdaniach
   3. Czasowniki
   4. Przymiotniki
   5. Antonimy
   6. Związki frazeologiczne
   7. Analogie
   8. Kategorie
   9. Związki frazeologiczne z wyjaśnieniem znaczenia
   10. Rzeczowniki z określeniami
   11. Czasowniki z rzeczownikami odczasownikowymi
   12. Rzeczowniki we frazach